Il 5 novembre 1944 l’antica chiesa di Santa Maria in Porto Fuori, cantata da Dante e celebre per i suoi affreschi medievali, veniva irrimediabilmente distrutta dai bombardamenti: «È una bella pagina della vostra storia religiosa che si chiude», aveva commentato Pio XII quando gli era stata comunicata la triste notizia. Dell’antico monumento si salvarono poche testimonianze, tra cui alcuni lacerti di affreschi, purtroppo rubati nel settembre 1993 e mai più ritrovati, e il sarcofago di Pietro Peccatore che, una volta ricostruita la chiesa, fu posto nella cappella laterale in fondo alla navata sinistra.
Il nuovo edificio fu solennemente consacrato il 14 aprile 1952 e Mons. Mario Mazzotti, che vi fu parroco durante i terribili anni della guerra e testimone oculare della sua distruzione, nelle pagine del periodico “L’Argine” così salutava il nuovo evento: «La torre di Porto fuori, colla sua caratteristica sagoma, domina di nuovo per ampio raggio la pianura circostante, preannuncio, come in antico, del Santuario di Maria, per il devoto pellegrino. Risorta dalle macerie e sulle fondamenta della precedente, le si erge a fianco la nuovissima basilica. Gli antichi pilastri rostrati, le ogive trecentesche della “Casa di Nostra Donna in sul lito Adriano”, che Dante vide e cantò, hanno ceduto alle composte, sobrie linee della chiesa moderna. E coll’effigie di Pietro chierico è pure tornato in basilica il magnifico sarcofago in greco scolpito, entro il quale riposano le Ossa del primo Padre di Porto».