Nelle Storie ravennati Girolamo Rossi ricorda come a seguito della sanguinosa battaglia di Ravenna «il cenobio di San Mama, che per i Francesi era stata una comoda base, dove si ritiravano, quando attaccavano la città e battevano le mura, doveva essere raso al suolo».

A seguito della distruzione del loro convento ai Frati Minori dell’Osservanza fu concesso di trasferirsi nella Basilica di Sant’Apollinare Nuovo.
Essi si fecero promotori di numerose opere e ancor oggi sono visibili diverse testimonianze francescane.

Tra i lavori ascrivibili alla loro committenza vi fu anche la costruzione di un organo che purtroppo distrusse inesorabilmente parte degli antichi mosaici sia di Teoderico sia dell’arcivescovo Agnello; questo, infatti, andava a intercettare le figure del Cristo in trono, degli angeli e l’inizio della processione dei santi.
Flaminio di Parma, che scrisse le Memorie istoriche delle chiese, e dei conventi dei frati minori dell’osservante, e riformata Provincia di Bologna, al proposito annotò: «Vi fu pur troppo, chi senza discernimento ebbe il ghiribizzo d’ivi collocare un’Organo con notabile pregiudizio in quei Musaici; ed ho usate, ma inutilmente, tutte le diligenze per iscuoprire l’ignorante autore del grave disordine, affine di registrarne il nome a perpetuo disonore».
Successivamente, «da Religiosi di mente sana» l’organo fu trasportato altrove, ma ormai… il danno era fatto.